Vou repassar aqui minha experiência com o wubi (ubuntu instalado em uma partição windows).
O funcionamento do ubuntu instalado com o wubi foi extremamente estável, não senti perda significativa de performance.
O único ponto a ressaltar é o backup do sistema, que não consegui fazer com o remastersys. Aparentemente o programa tentou incluir a partição host ntfs do windows junto e o tamanho ficou impraticável para um dvd.
Minha avaliação final sobre o wubi é positiva, o recurso funciona perfeitamente e eu recomendo para quem não quer ou não pode reparticionar a unidade com windows.
